Contexte

Le développement de résistance chez des insectes ravageurs est un exemple classique de l'évolution en action et un problème majeur en agronomie. Dans le cas de la résistance à des micro-organismes vivants, tels que les virus utilisés comme agents de lutte biologique, la compréhension des mécanismes adaptatifs impliqués dans ces phénomènes peut aider à manipuler la "course aux armements" entre le virus et son hôte et à résoudre le problème agronomique posé par la résistance. Le carpocapse de la pomme (Cydia pomonella) est le principal ravageur des vergers de pommiers et de poiriers dans le monde entier. Une méthode de lutte biologique largement utilisée pour contrôler ce lépidoptère est un virus appartenant à la famille des granulovirus : Cydia pomonella GranuloVirus (CpGV). Chaque granulovirus étant spécifique à une ou quelques espèces d'insectes et inoffensif pour tous les autres êtres vivants, l'utilisation de ces virus s'inscrit dans les objectifs de réduction de l'utilisation des insecticides chimiques et de préservation de l'environnement. Le CpGV est l'une des rares méthodes efficaces dont dispose actuellement l'agriculture biologique dans les vergers de pommiers et de poiriers. Après plus de 20 ans d'utilisation à grande échelle d'un seul isolat viral (CpGV-M), des populations de C. pomonella résistantes au virus ont été détectées, posant la question de la durabilité de cette méthode de lutte biologique. Trois thèses précédentes ont permis de développer un nouveau variant, CpGV-R5 capable de contourner la résistance de C. pomonella au virus en laboratoire et au champ, et d'étudier les mélanges génotypiques pour pérenniser l'efficacité de cette lutte biologique (Berling, 2009 ; Graillot, 2015 ; Hinsberger, 2020). Il est le composant du produit Carpovirusine Evo2, commercialisé par UPL. Un troisième variant également efficace sur les insectes résistants a été commercialisé à la même époque sous le nom de CpGV-V15 par la société Andermatt Biocontrol. En 2020, notre équipe a détecté plusieurs populations présentant une sensibilité réduite aux trois isolats actuellement commercialisés en France (Siegwart et al. 2020).

Objectifs

Notre groupe de recherche a entamé une nouvelle collaboration avec l'UPL pour étudier les mécanismes génétiques de la coévolution entre le virus et son hôte. Le but de ce projet de thèse est i) d'élucider la base génétique des nouvelles résistances chez C. pomonella ; ii) de développer des outils moléculaires pour la détection à haut débit de ces résistances et iii) de développer des isolats viraux efficaces et durables. Ces trois objectifs feront appel à des approches d'évolution expérimentale (coévolution hôte-virus), de génomique adaptative et de virologie.

(C. pomonella grannulovirus)

Crédit photo : Isabelle Bornard (INRAE)