Pseudomonas syringae est une bactérie phytopathogène, responsable de l'émergence de maladies sur arbres fruitiers, incluant l'explosion récente de chancre bactérien sur kiwi dû à P. syringae pv. actinidiae. Notre objectif est de  développer l’ingénierie écologique au service de la santé des plantes dans les vergers. Ces études sur les bactérioses sur arbres fruitiers se nourrissent de l'expérience acquise par notre équipe au cours des années sur la bactériose du melon, provoquée par P. syringae.

Des outils efficaces et à moindre coût ont été développés par l'équipe MISTRAL pour identifier rapidement et caractériser la structure génétique des populations de P. syringae dans divers contextes. Ils s'appuient sur la nouvelle classification de P. syringae proposée par cette équipe.

Bactérioses des arbres fruitiers (abricotier, kiwi) dues à Pseudomonas syringae

Le chancre bactérien du kiwi causée P. syringae pv. actinidiae, représente un enjeu économique important au niveau mondial. En France, les moyens de lutte sont constitués de traitements cupriques et de gestes préventifs visant à réduire la propagation de la bactérie au sein et entre les vergers.

• rôle des couvre-sols végétaux des vergers dans l’émergence des maladies des arbres fruitiers causées par Pseudomonas syringae
  • étude simultanée des communautés de P. syringae associées aux plantes couvre-sol et aux arbres fruitiers de vergers d’abricotiers et de vergers de kiwis choisis pour leur état sanitaire (sain, malade ou émergence de la maladie) : présence de souches génétiquement proches entre les communautés de P. syringae des couvre-sols végétaux et arbres fruitiers résultant d'échanges  entre les deux compartiments
  • étude des pratiques de gestion du couvre-sol différentes (sol nu, enherbement des inter-rangs, enherbement des inter rangs et rangs des arbres).
• facteurs de risques favorisant le développement de la maladie du dépérissement des abricotiers et évaluation des sources de résistances génétiques : projet Resibac (2013-2016) financé par le Ministère en charge de l’Agriculture, en collaboration avec l'unité GAFL du centre Inra-Paca

Classification du complexe Pseudomonas syringae

La connaissance approfondie des populations de P. syringae générée par l'équipe MISTRAL l'a conduit à remettre en question le cadre classique de la classification de P. syringae initialement structurée autour des pathovars. Sur la base de la caractérisation d'environ 800 souches sélectionnées dans notre collection, représentatives de la diversité connue de cette bactérie, nous avons délimité et décrit 13 phylogroupes (dont 5 nouveaux) de P. syringae.

Ce nouveau cadre de la classification de P. syringae et la large collection de souches de l'équipe MISTRAL l'a conduit à développer des outils d'identification rapides et efficaces : par la génomique comparative, des amorces ont été conçues pour identifier les souches de  P. syringae par PCR sans qu'il soit nécessaire de séquençer les gènes de ménage. De même, des amorces spécifiques à chaque phylogroupe ont été conçues. Cette innovation permet d'obtenir des informations sur la structure des populations à un coût abordable.

Berge, O., Monteil, C., Bartoli, C., Chandeysson, C., Guilbaud, C., Sands, D. C., Morris, C. E. (2014). A user's guide to a data base of the diversity of Pseudomonas syringae and its application to classifying strains in this phylogenetic complex. Plos One, 9, e105547. DOI : 10.1371/journal.pone.0105547 https://hal.inrae.fr/hal-02640865 Guilbaud, C., Morris, C. E., Barakat, M., Ortet, P., Berge, O. (2016). Isolation and identification of Pseudomonas syringae facilitated by a PCR targeting the whole P. syringae group. FEMS microbiology ecology, 92, fiv146 . DOI : 10.1093/femsec/fiv146 https://hal.inrae.fr/hal-02632676 Morris, C. E., Lamichhane, J. R., Nikolic, I., Stanković, S., Moury, B. (2019). The overlapping continuum of host range among strains in the Pseudomonas syringae complex. Phytopathology Research, 1:4, 16 p. DOI : 10.1186/s42483-018-0010-6 https://hal.inrae.fr/hal-02621367v1