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Dernière mise à jour : Mai 2021

Etiologie - Epidémiologie

Botrytis cinerea : un champignon divers et polyphage

Spores de Botrytis cinerea — Spores de *Botrytis cinerea*
© Pathologie végétale - INRAE - Avignon

L'équipe MISTRAL explore l'écologie et la biologie de Botrytis cinerea, en s'intéressant aux habitats et facteurs environnementaux qui façonnent le comportement et influencent la diversification de cet agent pathogène afin de développer des stratégies plus efficaces pour le contrôler.

B. cinerea est un champignon isolé plus de 220 plantes hôtes, vivant à l'état pathogène sur des cultures de grande valeur économique ou à l'état saprophyte sur des espèces sauvages. Les populations de B. cinerea peuvent évoluer selon le temps, l'espace, l'hôte et les activités anthropiques, mais les modèles d'évolution doivent encore être compris dans les conditions de production végétale spécifiques à la France. La structure génétique des populations est étudiée à l'aide de marqueurs microsatellites.

Caractérisation des populations entre cultures

B. cinerea a longtemps été considéré comme non spécifique à un hôte. Cependant, des études récentes ont révélé une différenciation génétique entre des souches de B. cinerea isolées à partir de différentes plantes hôtes.

Caractérisation des populations de Botrytis cinerea entre espèces végétales cultivées — Dispositif expérimental combinant des plants de tomate et salade
© Pathologie végétale - INRAE - Avignon

structuration des populations par la plante-hôte : populations différentes selon la plante hôte, qu'elle soit cultivée ou sauvage (tomate, salade, vigne et ronce)
différentiation génétique de populations au cours de rotations successives tomate-laitue en serre
flux d'inoculum entre le sol et les cultures de laitue

Leyronas, C., Bryone, F., Duffaud, M., Troulet, C., Nicot, P. 2015. Assessing host specialization of Botrytis cinerea on lettuce and tomato by genotypic and phenotypic characterization. Plant Pathology, 64, 119-127. https://hal.inrae.fr/hal-02636584v1
Leyronas, C., Duffaud, M., Pares, L., Jeannequin, B., Nicot, P. C. 2015. Flow of Botrytis cinerea inoculum between lettuce crop and soil. Plant Pathology, 64, 701-708. https://hal.inrae.fr/hal-02636476v1
Mercier, A., Simon, A., Lapalu, N., Giraud, T., Bardin, M., Walker, A.-S., Viaud, M., Gladieux, P., 2020. Population genomics reveals molecular determinants of specialization to tomato in the polyphagous fungal pathogen Botrytis cinerea. bioRxiv: 35 p. DOI : 10.1101/2020.07.24.219691 https://hal.inrae.fr/hal-02914651
Walker, A. S., Gladieux, P., Decognet, V., Fermaud, M., Confais, J., Roudet, J., Bardin, M., Bout, A., Nicot, P. C., Poncet, C., Fournier, E. 2015. Population structure and temporal maintenance of the multihost fungal pathogen Botrytis cinerea: causes and implications for disease management. Environmental Microbiology, 17, 1261-1274.https://hal.inrae.fr/hal-02638009

Structuration géographique des populations à différentes échelles spatiales

L'étude a été réalisée dans des serres de tomate. La structuration géographique a été étudiée à l'échelle locale (dans une même serre sur plusieurs années), régionale (différentes serres de la région Paca), nationale (serres dans les régions Paca, bordelaise et parisienne ou en Algérie). Plusieurs phénomènes ont été observés :

Dégâts de Botrytis cinerea sur cultures de tomate sous serre — Dégâts de *Botrytis cinerea* sur cultures de tomate sous serre
© Pathologie végétale - INRAE - Avignon

mise en place de clonalité chez B. cinerea au cours d'une saison de culture : des souches ayant la même structure génotypique sont retrouvées dans la serre. Elles sont issues de la sporulation de B. cinerea sur les plantes malades et de leur dispersion au fil de la saison de culture (inoculum endogène)
haut niveau de clonalité lié à la très forte prédominance de quelques haplotypes particuliers: contraste avec l'absence ou le faible niveau de clonalité décrits chez B. cinerea pour d'autres agrosystèmes, notamment en plein champ
structuration géographique de la clonalité à une échelle locale et régionale : dominance d'un haplotype dans les serres de tomate mais différent entre les serres

Adjebli, A., Leyronas, C., Aissat, K., Nicot, P. 2015. Comparison of Botrytis cinerea populations collected from tomato greenhouses in Northern Algeria. Journal of Phytopathology, 163, 124-132. https://hal.inrae.fr/hal-02631269v1
Bardin, M., Decognet, V., Nicot, P. 2014. Remarkable predominance of a small number of genotypes in greenhouse populations of Botrytis cinerea. Phytopathology, 104, 859-864. https://hal.inrae.fr/hal-02640256v1
Decognet, V., Bardin, M., Trottin-Caudal, T., Nicot, P. 2009. Rapid change in the genetic diversity of Botrytis cinerea populations after the introduction of strains in a tomato glasshouse. Phytopathology 99, 185-193. https://hal.inrae.fr/hal-02664531v1