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Dernière mise à jour : Mai 2021

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400 route des chappes
BP 167
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Tel. : +33(0)4 92 38 64 00
Fax : + 33(0)4 92 38 64 01

http://www.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech

Accueil de visiteurs et de stagiaires

Le plateau de BioInformatique et Génomique accueille régulièrement des visiteurs et des stagiaires.

Les étudiants et stagiaires

  • 2020

Mélanie MASSON - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Etude des Cytochrome_P450 dans l’adaptation des noctuelles à la polyphagie et à la résistance aux pesticides.

  • 2019

Adrien DECENEUX - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Mining soil metagenomes to identify horizontal gene transfers in root-knot nemato.

  • 2018

Alexia ALFARO - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Analyse d'expression différentielle de gènes à partir de données RNA-seq d'un insecte : Spodoptera frugiperda.

Julie DAZENIERE - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Organisation et expression des gènes du parasitisme chez un nématode ravageur de culture : Meloidogyne incognita.

Marine POULLET - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Exploring the genomic structure of the root-knot nematode Meloidogyne enterolobii.

Anaïs VACQUIER - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet : Prédiction de microARN exprimés dans le cadre de l'interaction entre la tomate Solanum lycopersicum et le nématode Meloidogyne incognita.

  • 2017

Carole BELLIARDO - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Recherche de transferts horizontaux d’origine virale dans les génomes de nématodes à galles.

  • 2016

Paul BACHELERIE - Licence professionnelle de biotechnologie, option bioinformatique CNAM de Paris (6 mois)
Sujet: Conception et mise en place d'une base de données relationnelle visant à explorer les répertoires d'effecteurs chez les parasites de plantes.

Solène GRANJEON - 3ème année INSA de Lyon ( 2 mois )
Sujet: Mise en place d'une procédure de génération automatique d'arbres phylogénétiques et de l'analyse de leur topologie.

Yujin KIM - Licence 3 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (1 mois)
Sujet: Identification de copies de gènes différentiellement exprimées dans le génome d’un nématode hybride et polyploïde: nettoyage, alignement, et estimation des niveaux d’expression sur données RNAseq .

David PRATELLA - Master 1 BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice  (5 mois)
Sujet: Identification de copies de gènes différentiellement exprimées dans le génome d’un nématode hybride et polyploïde: nettoyage, alignement, et estimation des niveaux d’expression sur données RNAseq.

  • 2015

Coralie HORIN - 5ème année EPU de Nice (5 mois)
Sujet: Assemblage d'un transcriptome de référence de Tenebrio molitor

Djampa KOZLOWSKI - Master 1 BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Etude phylogénétique des nématodes parasites à travers l'analyse de l'ADN mitochondrial.

  • 2014

Morgane DEMEOCQ - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Annotation des éléments transposables dans les génomes de nématodes à galles. Mise en place de l'ensemble d'outils de REPET et d'un SGE.

Céline ELIE - 5ème année EPU de Nice (5 mois)
Sujet: Méta-analyse de la réponse de défense chez Spodoptera frugiperda - Lien entre immunité et détoxication ?

Jonathan PASINI -  4ème année INSA de Lyon (5 mois)
Sujet: Développement d'un pipeline bioinformatique générant des banques de séquences protéiques utilisables par le logiciel MASCOT.

  • 2013

Benjamin MERLET - 5ème année EPU de Nice (5 mois)
Sujet: Développement d'interfaces autour d'une base de données dédiée à l'annotation fonctionnelle experte.

Nicolas NOTTET - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Analyse d'expression différentielle de gènes au cours du cycle de développement chez Meloidogyne incognita à partir de données RNAseq.

  • 2012

Lauriane MASSARDIER - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Identification de régions dupliquées dans le génome de Meloidogyne incognita et analyse de l'expression différentielle entre copies de gènes.

Les visiteurs et invités

  • 2015

Boris HESPEELS
Doctorant- Université de Namur, Department of Biology (URBE) Laboratory of Evolutionary Genetics and Ecology (LEGE)
Projet collaboratif : Analyse du transcriptome du rotifère bdelloid Adineta vaga au cours de cycles de déshydratation et réhydratation

  • 2013

Sebastian EVES-VAN DEN AKKER
Doctorant- Université de Leeds / James Hutton Institute (UK)
Projet collaboratif : Assemblage et analyse des transcriptomes des nématodes parasites de plantes Nacobbusaberrans et Globodera rostochiensis.