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Dernière mise à jour : Mai 2018

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DANCHIN Etienne

DR - Inra - Directeur de Recherche

DANCHIN Etienne
© inra
Génomique comparative et évolution du parasitisme des plantes chez les nématodes.
Référent scientifique du plateau de bioinformatique.

Parcours

Après un Master en Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique (BBSG) obtenu à Aix-Marseille Université, j'ai concrètement commencé mon activité de recherche en poursuivant en doctorat de Bioinformatique dans le laboratoire Evolution Biologique et Modélisation (EBM),  CNRS / Aix-Marseille Université du Dr. P. Pontarotti à Marseille. Je me suis alors intéressé aux relations évolutives entre gènes (orthologues, paralogues) chez les animaux (bilatériens). Principalement, je me suis employé à rechercher des régions génomiques conservées au cours de l'évolution entre différents bilatériens (notamment Homme, Drosophile, Poisson-zèbre) puis à en déduire la composition et l'organisation chez l'ancêtre commun de ces espèces. Ces travaux m'ont permis d'obtenir une thèse en Bioinformatique décernée par Aix-Marseille Université en 2004.

J'ai ensuite poursuivi mes recherches en tant qu'attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER), toujours dans le laboratoire EBM à Marseille. Là, j'ai recherché des familles de gènes largement conservées au cours de l'évolution depuis les plantes jusqu'aux insectes et nématodes en passant par les levures, mais absentes des génomes de vertébrés (dont le génome humain). J'ai pu mettre en évidence des familles de gènes perdues au cours de l'évolution chez les vertébrés. Ces pertes de gènes coïncident avec la perte de capacités telles que la synthèse de certains acides aminés ou sucres.

En 2005, j'ai rejoint le laboratoire Architecture et Fonctions des Macromolécules Biologiques (AFMB), CNRS / Aix-Marseille Université, localisé sur le campus de la faculté des sciences de Luminy à Marseille. En tant que post-doctorant dans l'équipe "Glycogénomique", dirigée par le Dr. B. Henrissat, je me suis intéressé à la classification structurale et fonctionnelle de familles d'enzymes actives sur les sucres (CAZymes). J'ai notamment été impliqué dans la détection, la classification et la comparaison de répertoires de CAZymes dans les génomes de champignons. Ces travaux m'ont permis de mettre en évidence des relations entre la composition des répertoires de CAZymes et le mode de vie chez les champignons. Par exemple, les champignons phytopathogénes ont tendance à avoir un arsenal d'enzymes similaire pour la dégradation des sucres de la paroi des plantes. Cette expérience post-doctorale m'a notamment permis de collaborer à des projets d'annotation de génomes avec des centres de renommée mondiale tels que le Broad Institute ou le Joint Genome Institute, tous deux aux USA.

En 2007, j'ai été recruté en tant que chargé de recherche à l'INRA sur le site de Sophia-Antipolis. Au sein de l'équipe Interactions Plantes Nématodes, je m'intéresse principalement à la génomique comparative et à l'évolution du parasitisme des plantes chez les nématodes.

Recherche actuelle

  • Génomique comparative et évolutive chez les nématodes parasites de plantes
  • Emergence et évolution du parasitisme des plantes chez les nématodes
  • Transferts de gènes horizontaux
  • Gènes impliqués dans le pouvoir parasitaire chez les nématodes
  • Plasticité génomique en absence de reproduction sexuée
  • Structure des génomes chez les espèces a reproduction asexuée

Publications et production scientifique

L'ensemble de mes publications dans des revues à comité de lecture ainsi que mes participations à des meetings ou congrès scientifiques sont listées ici.

Email : Etienne.Danchin@inra.fr