Parcours

Après un Master en Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique (BBSG) obtenu à Aix-Marseille Université, j'ai effectué un doctorat de Bioinformatique dans le laboratoire Évolution Biologique et Modélisation (EBM),  CNRS / Aix-Marseille Université du Dr. P. Pontarotti à Marseille. Je me suis intéressé aux relations évolutives entre gènes (orthologues, paralogues) chez les animaux à symétrie bilatérale (bilatériens). Je me suis principalement employé à rechercher des régions génomiques conservées au cours de l'évolution entre différents bilatériens (notamment Homme, Drosophile, Poisson-zèbre), à partir desquelles j'ai pu déduire la composition et l'organisation de régions ancestrales chez l'ancêtre commun de ces espèces. Ces travaux m'ont permis d'obtenir une thèse en Bioinformatique décernée par Aix-Marseille Université en 2004.

J'ai ensuite poursuivi mes recherches en tant qu'attaché temporaire d'enseignement et de recherche (ATER), toujours dans le laboratoire EBM à Marseille. Là, j'ai recherché des familles de gènes largement conservées au cours de l'évolution depuis les plantes jusqu'aux insectes et nématodes en passant par les levures, mais absentes des génomes de vertébrés (dont le génome humain). J'ai ainsi mis en évidence des familles de gènes perdues au cours de l'évolution chez les vertébrés. Ces pertes de gènes coïncident avec la perte de capacités telles que la synthèse de certains acides aminés essentiels oud 'autres molécules.

En 2005, j'ai rejoint le laboratoire Architecture et Fonctions des Macromolécules Biologiques (AFMB), CNRS / Aix-Marseille Université, en tant que post-doctorant dans l'équipe "Glycogénomique", dirigée par le Dr. B. Henrissat. Je me suis intéressé à la classification structurale et fonctionnelle de familles d'enzymes actives sur les sucres (CAZymes). J'ai notamment été impliqué dans la détection, la classification et la comparaison de répertoires de CAZymes dans les génomes de champignons. Ces travaux m'ont permis de mettre en évidence des relations entre la composition des répertoires de CAZymes et le mode de vie chez les champignons. Par exemple, les champignons phytopathogénes ont tendance à avoir un arsenal d'enzymes similaire pour la dégradation des sucres de la paroi des plantes. Cette expérience post-doctorale m'a notamment permis de participer à des projets d'annotation de génomes en collaboration avec des centres de séquençage tels que le Genoscopse, le Broad Institute (USA) ou le Joint Genome Institute (USA).

En 2007, j'ai été recruté à l'INRA en tant que chargé de recherche dans le laboratoire 'institut Sophia Agrobiotech'. Au sein de l'équipe Interactions Plantes Nématodes, je me suis principalement intéressé à la génomique comparative et à l'évolution du parasitisme des plantes par les nématodes.

En 2015, après avoir obtenu mon Habilitation à Diriger les Recherches à l'Université Côte d'Azur sur l'évolution des génomes et l'adaptation au parasitisme des plantes, je suis devenu Directeur de Recherches INRA.

Depuis 2022, j'anime et suis responsable de l'équipe GAME: Génomique et Évolution Moléculaire Adaptative dans laquelle je développe des recherches sur l'évolution adaptative dans les génomes de différents organismes dont la biologie est liée à la santé des plantes ou sur d'autres modèles utiles à la compréhension de ces derniers.

Recherche actuelle

• Génomique comparative et évolutive chez les organismes ravageurs de cultures
• Émergence et évolution du parasitisme des plantes
• Transferts horizontaux de gènes
• Gènes impliqués dans le pouvoir parasitaire chez les nématodes
• Plasticité et structure génomique en absence de reproduction sexuée
• Émergence de gènes de novo

Publications et production scientifique

L'ensemble de mes publications dans des revues à comité de lecture ainsi que mes participations à des meetings ou congrès scientifiques sont listées ici.