Séminaire scientifique

DiCoExpress, un outil R destiné aux biologistes pour l'analyse de projets RNAseq.

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2023
DiCoExpress, un outil R destiné aux biologistes pour l'analyse de projets RNAseq.

DiCoExpress, un outil R destiné aux biologistes pour l'analyse de projets RNAseq : du contrôle qualité à la coexpression avec des études d'enrichissement de gènes.

10 février 2023

Sophia Antipolis - INRAE PACA - A010 - Visioconférence

Dans le cadre de l’animation scientifique ISA qui aura lieu le vendredi 10 février 2023 à 14H, l'invité de l'équipe SYMBIOSE, Marie-Laure Martin, Chercheur au IPS2 et MIA Paris-Saclay, nous présentera ses travaux:

Résumé :

DiCoExpress est un ensemble de scripts implémenté dans R qui utilisent des packages R préexistants. Il permet d'effectuer un contrôle qualité, une analyse différentielle et une analyse de co-expression des données RNAseq. De plus les listes de gènes exprimés différentiellement et les clusters de co-expression identifiés sont soumis à une analyse d'enrichissement d'annotation. DiCoExpress a été pensé pour être utilisé par des biologistes ayant des connaissances rudimentaires en R. L'objectif de ce séminaire est de vous présenter cet outil et d'illustrer son utilisation par un projet étudiant la réponse systémique des racines de M. truncatula quand celles-ci sont soumises à des stress abiotiques.

Ce séminaire se déroulera également en Visioconférence.

Participer à la réunion Zoom:

https://univ-cotedazur.zoom.us/j/85627272497?pwd=L04rU3VSQzJRV24yL0Q4Y2h6Q0s4QT09

ID de réunion : 856 2727 2497
Code secret : 329237
Pour vous connecter depuis un téléphone fixe:
1. Composer le +33 1 8699 5831
2. Entrer l'ID 856 2727 2497 puis #
3. Entrer le code 329237 puis #

Contact: changeMe@inrae.fr

Date de modification : 21 septembre 2023 | Date de création : 13 septembre 2023