Résumé :

Les nématodes à galles sont des endoparasites obligatoires des plantes qui menacent l'approvisionnement alimentaire mondial. Ces ravageurs sont l'un des nématodes phytoparasites les plus dévastateurs au monde en raison de leur distribution globale et de leur large gamme d'hôtes. L'approche de contrôle la plus efficace et la plus courante consistait à déployer des cultivars de plantes portant des gènes de résistance contre les espèces de Meloidogyne. Cependant, la plupart des gènes de résistance de ces plantes cultivées sont inefficaces contre Meloidogyne enterolobii (M.e), qui est maintenant réglementé en tant qu'espèce de quarantaine en Europe. Pour mieux comprendre les caractéristiques moléculaires qui sous-tendent son succès parasitaire, il est essentiel d'explorer la compatibilité de la gamme d'hôtes et la plasticité génomique de M.e.
Partie 1 : Pour comprendre la gamme d'hôtes de M.e, une étude en serre a été menée avec 20 espèces cultivées testant 8 populations de M.e, élevées en tant que lignées de masses d'œufs uniques. Les résultats ont montré que M.e était capable de se reproduire avec succès sur des espèces végétales qui avaient été précédemment signalées comme non-hôtes (phacélie, arachide, radis fourrager & moutarde jaune). En outre, le potentiel d'adaptation de M.e est également testé sur des hôtes pauvres tels que A. thaliana, la phacélie et le coton, à la fois dans des conditions in vitro et in vivo. Les résultats préliminaires ont montré que M.e est également capable de s'adapter à un hôte pauvre en un temps donné.
Partie 2 : Pour cette étude, nous avons également produit un assemblage génomique de haute qualité de M.e en utilisant l'approche de séquençage PacBio HiFi long-reads, combinée à un transformateur de séquence tenant compte des lacunes, DeepConsensus. Conformément aux estimations de la cytométrie de flux, l'assemblage génomique obtenu s'étend sur 273 Mbp avec 556 contigs et une valeur N50 de 2,11 Mb, la plus élevée rapportée jusqu'à présent pour un nématode à galles. En outre, nous avons aligné les longues lectures PacBio Hi-Fi des 8 populations différentes sur le nouveau génome de référence afin de détecter et de génotyper les variants structurels génomiques (SV). Nous avons trouvé 7416 SVs couvrant 3,46% du génome de référence. Les plus représentés sont les délétions (57%) et les insertions (35%). En utilisant les mêmes lectures longues de haute qualité, nous détecterons également les SNP dans les différents isolats.
Par la suite, nous étudierons la corrélation entre les variations génomiques (SNPs et SVs) et la distribution géographique, ainsi que les différences dans la compatibilité de la gamme d'hôtes.

(Le séminaire sera en anglais)