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L’enjeu visé est celui du maintien de la compétitivité des filières agricoles dans un contexte de réduction de la lutte chimique conventionnelle. Pour cela, l’institut focalise ses recherches sur l’identification de nouvelles cibles biologiques pour des pesticides plus spécifiques ou biopesticides, des nouveaux mécanismes de défense naturels des plantes contre les parasites, de nouveaux agents de lutte biologique. L’objectif à terme est d’intégrer ces méthodes dans des stratégies agronomiques de protection intégrée, notamment en cultures sous serre, plus respectueuses de l’environnement et de la santé humaine. 
Les travaux de recherche de l'Institut Sophia Agrobiotech s’inscrivent dans les objectifs nationaux et européens de réduction de l’usage et de l’impact des pesticides et de promotion et de mise en place de méthodes alternatives de production, avec le plan Ecophyto 2018, dans le cadre du Grenelle de l’Environnement visant la réduction de 50% de l’usage des pesticides à l’horizon 2018 et la mise en place de « l’Integrated Pest Management », qui imposera la protection intégrée comme la norme pour toutes les productions agricoles en 2014.
L’Institut Sophia Agrobiotech représente, de par l’intégration de différentes disciplines scientifiques, et différents organismes d'étude (plantes, insectes, microorganismes) regroupés en un même site, une configuration unique en France et rare en Europe dans le domaine de la santé des plantes.
L’Institut Sophia Agrobiotech est dirigé par Pierre Abad, directeur de recherche à l’INRA, et Marylène Poirié, professeur de l’Université de Nice-Sophia Antipolis et Christine Poncet, ingénieur à l’INRA, directrices adjointes.