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L’arboriculture fruitière doit à ce jour répondre à une demande sociétale et environnementale urgente de réduction des pesticides et doit faire face à des changements épidémiologiques inattendus dus au changement climatique dans un contexte d'échanges intenses de matériel végétal au-delà des frontières. L'adaptation des cultures de fruits à noyaux (Prunus) à ces défis implique une réévaluation de la méthodologie de sélection actuelle afin de sélectionner des arbres résilients, c'est-à-dire des arbres capables de maintenir leur production au fil des ans en présence de multiples bio-agresseurs (ravageurs, virus, bactéries, champignons etc). A ce jour, bien qu’une réelle réflexion soit engagée sur le sujet, il existe trop peu de dispositifs bas-intrants permettant d’observer la manifestation de la résilience et pour disséquer les différentes composantes phénotypiques et génétiques de l'« idéotype résilient ».  Ce projet de thèse reposant sur des panels diversifiés de type core-collection multisite de deux espèces de Prunus majeures (abricotier et pêcher) propose de disséquer cet idéotype à la fois au niveau phénotypique et génétique.

Après une phase de bibliographie pour bien identifier les concepts de résilience et de robustesse et les moyens de mesurer leur expression en verger, la doctorante devra organiser le phénotypage multitrait de ce matériel en conditions de faible protection phytosanitaire. Elle quantifiera les cumuls de sensibilité des arbres vis-à-vis des multiples bio-agresseurs qui s’attaquent aux vergers, ainsi que leur évolution sur deux à quatre années et identifiera les covariables phénologiques et environnementales aidant à leur interprétation. Ensuite, elle réalisera des analyses de génétique d’association (GWAS) multisite et multitrait afin d’identifier des zones du génome en lien avec la résilience des parties végétatives des arbres vis-à-vis des bio-agresseurs dans le but d’amorcer une compréhension de l’architecture génétique des composantes de la résilience. Une comparaison des deux espèces permettra de comprendre l’impact de la biologie propre à chacune sur l’adaptation à la réduction des pesticides, et de dégager des lignes communes permettant d’avancer sur la question de la résilience chez les fruits à noyau, tant au niveau phénotypique que génétique. Ce projet contribuera à long terme à faire de la résilience un objectif concret pour les sélectionneurs.