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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Optimisation des combinaisons alléliques contrôlant les paramètres d'un modèle d’élaboration de la qualité chez la pêche

Qualité chez la pêche
Bénédicte Quilot-Turion, Michel Génard, Pierre Valsesia and Mohamed-Mahmoud Memmah Frontiers in Plant Science 7:1873. doi: 10.3389/fpls.2016.01873

Le travail présenté dans cette publication constitue une nouvelle étape dans l’utilisation des modèles écophysiologiques pour identifier des idéotypes. Chaque combinaison de valeurs des paramètres de ces modèles représente un génotype dont le modèle peut simuler le phénotype dans différentes conditions environnementales et de conduite. L’utilisation de méthodes d’optimisation permet d’identifier les combinaisons optimisant les traits simulés dans des conditions données et ainsi de définir des idéotypes. L’approche décrite dans cette publication vise à améliorer le réalisme des combinaisons de paramètres retenues comme meilleures solutions.

Cette approche repose sur i) l’utilisation d’un modèle d’élaboration de la qualité de la pêche (3 traits d’intérêt prédits) comportant 7 paramètres génotype-spécifique, ii) la définition d’un modèle génétique décrivant les effets des allèles aux différents loci contrôlant les paramètres du modèle écophysiologique et tenant compte des liaisons physiques entre loci et effets pléiotropiques et iii) l’optimisation des combinaisons d’allèles.

L’intérêt d’utiliser une étape d’optimisation a été testé en confrontant les phénotypes ainsi obtenus aux phénotypes issus d’un tirage au sort aléatoire des valeurs des paramètres. De plus les solutions obtenues en utilisant une étape d’optimisation dirigée vers l’espace des valeurs des paramètres ont été comparées à celles obtenues en dirigeant l’optimisation vers l’espace des allèles. Cette dernière stratégie est apparue prometteuse pour améliorer les réalisme des idéotypes.