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Le développement de résistances génétiques aux pathogènes est un facteur important de l’amélioration des plantes, permettant de diminuer l’utilisation des pesticides aux champs. Chez la plante, les facteurs d’initiation de traduction eIF4E sont des facteurs de sensibilité à de nombreux virus à ARN - pathogènes majeurs de nombreuses plantes- et des allèles variants de ces gènes constituent une large source de résistance. Les espèces proches des plantes cultivées constituent un réservoir de ces nouveaux allèles de résistance mais il convient de mettre en place de nouvelles méthodes pour les caractériser.

Dans ce travail, nous montrons que les données de transcriptomique constituent un matériel de choix pour isoler ces nouveaux allèles de résistance. A partir des données RNAseq collectées au cours du projet ARCAD, nous avons pu isoler un nouvel allèle de résistance eIF4E, issu d’un parent proche de la tomate cultivée. En outre, l’analyse de ce nouvel allèle, associé à une résistance peu durable au virus PVY, permet de mieux définir les changements d’acides aminés associés à des résistances efficaces dans la plante.

Ce travail est le fruit d’une collaboration entre plusieurs équipes de l’INRA (Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes-AVIGNON, Pathologie Végétale-AVIGNON, Biologie du Fruit et Pathologie-BORDEAUX). Il présente une approche généralisable pour rechercher de nouvelles résistances, transférable à d’autres plantes d’intérêt agronomique,  à partir de nombreux gènes de la plante nécessaires au cycle viral.