Cet article présente la création d’une puce 60K SNP amandier Affymetrix pour le génotypage SNP d’accessions amandiers utilisées dans des études de Génétique d’association (GWAS) ou des études de cartographie. Au sein d’un consortium international, nous avons participé au séquençage du génome de l’amandier en 2019. Avec ce consortium, nous avons reséquencé 52 variétés d’amandier en plus de variétés déjà accessibles sur le site NCBI et nous avons identifié les variants SNP (Single Nucleotide Polymorphism) observés entre ces variétés. A partir de cet ensemble de SNP initial, nous avons appliqué des filtres de sélection pour avoir un ensemble de 60K SNP bien répartis sur le génome et ayant un bon index ‘p_score’ qui a été estimé pour la technologie Affymetrix à partir de la séquence de 70 bases encadrant le SNP. Pour valider cette puce amandier, nous avons génotypé notre collection amandier et quelques autres accessions du sous-genre amygdalus, dont le pêcher et des clones de Prunus davidiana. Nous avons montré que cette puce permet de bien déceler le polymorphisme intraspécifique de l’amandier, mais aussi le polymorphisme interspécifique entre des espèces amygdalus. Elle pourra être utilisé pour la recherche de gènes d’intérêt chez l’amandier, mais aussi chez des porte-greffes type pêcher x amandier ou pêcher x davidiana. Nous avons intégré deux SNP marqueurs pour le gène de résistance aux nématodes RMja et le gène d’amertume Sk et les résultats obtenus sont cohérents avec les résultats attendus (cf. figure). Cette puce amandier PdSNPV1 est commercialisé par Thermo Fischer Scientific et le prix de revient par échantillon intégrant le prix de la puce et le prix du génotypage sera d’environ 30€ par accession.