En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal

Ecologie des Forêts Méditerranéennes

Unité de Recherches Ecologie des Forêts Méditerranéennes

KARAM Marie-Joe

Marie-Joe KARAM
© Inra M.J. Karam
Doctorante

https://www.researchgate.net/profile/Marie-Joe_Karam

Ancienne doctorante à l'Unité de Recherches Ecologie des Forêts Méditerranéennes rattachée au Département Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques

Directeur de thèse : LEFEVRE François, Directeur de recherche.

Co-directrice de thèse : BOU DAGHER-KHARRAT Magda, FS, USJ, Beyrouth, Liban.

Titre de thèse: Approche moléculaire des mécanismes de microévolution chez une espèce d'arbre introduite, Cedrus atlantica Manetti.

Résumé : De nouvelles ressources génomiques sont développées chez une espèce non-modèle de conifère, le cèdre de l'Atlas Cedrus atlantica Manetti, introduite dans le Petit Luberon (France) dans la deuxième moitié du XIXème siècle dans le cadre d’une opération de restauration des terrains de montagne. La première partie de la thèse expose l’exploration du génome de C. atlantica, le développement et la validation de marqueurs moléculaires par séquençage haut débit de fractions de son génome avec deux méthodes de réduction de complexité: la méthode RADseq (séquençage de fragments d’ADN associés à un site de restriction en utilisant une enzyme sensible à l’hypométhylation) appliquée ici pour la première fois à un génome de conifère et la méthode de séquençage de transcriptome. Nos résultats ont validé l’efficacité de la méthode RADseq dans la réduction de la complexité d’un génome de conifère et par suite ont confirmé l’hyper-méthylation de ses éléments transposables. Grâce aux données de séquençage, 17348 marqueurs SNP (polymorphisme d’un seul nucléotide) et 5714 marqueurs microsatellites ont été détectés in silico. Dans la deuxième partie, la structure génétique de la génération fondatrice de C. atlantica a été caractérisée par une combinaison d’analyses de diversité génétique et d’analyses de structure génétique. Ces dernières ont été basées sur une approche purement statistique (Analyse Discriminante des Composantes Principales) et une approche bayésienne reposant sur un modèle de génétique des populations (avec le logiciel STRUCTURE). Les analyses ont été réalisées avec 144 SNP validés expérimentalement parmi ceux développés dans la première partie. Nos résultats ont montré une structure génétique très marquée, avec deux groupes correspondant potentiellement à des provenances de l’aire d’origine et un groupe correspondant probablement à une famille de demi-frères. Le fait du mélange génétique explique la forte diversité génétique observée dans ce peuplement. Ceci montre que les introductions d’espèces se font parfois à partir de matériel génétique complexe en termes de diversité génétiques et de niveaux d'apparentement, ce qui peut limiter l'utilisation des approches basées sur des modèles de génétique des populations pour analyser leur structure génétique. Dans la troisième partie, nous avons caractérisé l’évolution de la diversité génétique et de la structure génétique en trois générations et avons recherché des traces de sélection sur la base des variances temporelles de fréquences alléliques. Dans cette population en croissance démographique, la diversité génétique globale est conservée au fil des générations mais elle est fortement réorganisée : augmentation de la consanguinité et augmentation de la variance d'apparentement, disparition des déséquilibres de liaison et apparition de génotypes « hybrides » entre groupes génétiques fondateurs. Néanmoins, la structure génétique détectée à l’introduction n'est pas complètement annihilée après trois générations. Ceci peut être expliqué par deux hypothèses non exclusives, l’une démographique et l’autre adaptative, respectivement : soit le mélange est en train de se produire à une vitesse lente du fait de la contribution des arbres fondateurs, plus développés, aux générations chevauchantes successives, soit les hybrides inter-groupes ont été en partie contre-sélectionnés. Finalement, deux évolutions génétiques pourraient être des indicateurs d’une sélection rapide mise en place à l’échelle de quelques générations après la phase initiale d'installation: (i) l'absence de trace d’un groupe génétique fondateur dans les générations qui ont suivi l’introduction et (ii) la détection d’un SNP dont la grande variance de fréquences alléliques serait une signature de sélection. En conclusion, nous avons démontré l’importance de caractériser la structure génétique initiale d’une population (qui peut être complexe) afin de comprendre son évolution. Malgré les générations chevauchantes chez les arbres, nous avons montré qu'une réorganisation marquée de la diversité génétique et des traces d'évolution adaptatives peuvent être détectées après trois générations seulement. Les marqueurs SNP, issus de régions codantes et non codantes du génome, sont assez puissants pour ce type d'analyse.

Mots-clés : Changement climatique, gène candidat, RAD, adaptation,